DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5356 Cn1cnc(-c2c[nH]c3cc(C(=O)NC(=O)N(Cc4ccc(Cl)cc4)C4CCCN4C(=O)c4ccccn4)ccc23)n1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5357 CC(Nc1nc(C2CCCCC2)nc2ccc(Cl)cc12)C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5358 Cn1c(SC(C)(C)CCC2(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)nc(=O)c2cccc(O)c21 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5359 Cc1ccc2c(NC3CCN(C(=O)Nc4c(-c5cnn(C)c5)cnn4-c4ccc(Cl)cc4)CC3)nccc2c1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5360 CC(NC(=O)C1CCC(Nc2cc(Cl)c3c(-c4cccc(Cl)c4)nn(C)c3c2)C1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5361 CC(NC(=O)C(CC1C=CC=CCC1)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5362 Cc1ccc(-c2ccc(C(NC(=O)C3C=CCCCC3)C(NC(=O)c3cccnc3)C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5363 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1Nc1ccccc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5364 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(/C=C/C(F)(F)F)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5365 CC(NC(=O)C1CC=CCC1)c1cc(-c2ccncc2)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5366 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(C(=O)NO)ccc1NCc1cc(Cl)ccc1Cl AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5367 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5368 CC(NC(=O)c1cc2cccc(Cl)c2[nH]1)NC(=O)C1CCCCCC1 AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5369 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5370 CC(NC(=O)C1C=CCCC1)c1cc(C(F)(F)F)ccc1NCc1ccccc1F AlphaDrug 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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