DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5416 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)OCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5417 Cc1cc(-c2ccc(CCCC(=O)O)c(O)c2)ccc1Cc1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5418 Cc1ccc(C(=O)N2CCCC(c3ccc(CC(C)C(C)C)cc3)CC2)cc1C1CCCCC1 AlphaDrug 1H0I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5419 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC/C3=C\C=C/C=C\2OCc2ccccc23)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5420 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)OCC2COc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5421 CC(C)c1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1OCc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5422 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OC(=O)Nc2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5423 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OC(=O)c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5424 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OCc2ccc(C(N)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5425 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5426 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5427 CC(=O)N1CCC(c2ccc(CN3C(=O)N=C(c4ccc(CC(C)C(C)C)cc4)C3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5428 COc1cc(-c2ccc3cc[nH]c3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5429 CC(C)C(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)C(=O)NC2CCCCC2O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5430 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4COC5(CCCC5)C4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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