DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5476 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(OC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5477 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(C)(O)c3ccc(OC(F)(F)F)c(O)c3)o2)n1)c1ccc(OCC(=O)O)c(O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5478 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cn(C2CCCC2)c(Cl)n1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5479 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3c(c2)OCCCOC3)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5480 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(C)(C)CO)o2)n1)c1ccc(C(=O)O)c(Cl)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5481 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(O)cc(S(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5482 CC(Cc1ccc(O)c(-c2cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)n1)c1cc(Cl)c(Cl)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5483 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(F)c(O)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5484 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)c(O)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5485 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(OC3CCCCC3)c(O)c2)n1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5486 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)c(Cl)c(C2=CCCCC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5487 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(F)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5488 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C3CC=CN(C(C)C)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5489 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3c(c2)n(C)n3O)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5490 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(O)cc(Cl)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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