DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5506 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cn(C(C)(C)O)nn1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5507 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)c(O)cn1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5508 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C(N)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5509 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5510 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)c(F)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5511 CC(Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2C(=O)O)cc1)c1cn(C)nn1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5512 CC(Cc1ccc(-c2ccc3nc[nH]c3c2)cc1)c1ccc(OCC2CCCCC2)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5513 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2nc3cn[nH]c3[nH]2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5514 CC(Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5515 CC(Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)cc(NS(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5516 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(OC3CCCC3)c(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5517 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C3CCN(C(=O)C4CCCCCC4)C3)nc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5518 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3[nH]c(=O)n(C)c3c2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5519 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(Oc2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5520 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(C2CCCCC2)nc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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