DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5551 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1cccc(-c2ccc(OCCC3CCCCC3)cc2)n1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5552 CC(Cc1ccc(-c2ccc(OC3CCCCC3)c(O)c2)o1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5553 CC(Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1cc(C(=O)O)ccn1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5554 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2cccc(NC(=O)NC3CCCC(O)=N3)c2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5555 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(CCC3CCCCC3)cc2)c1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5556 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(CO)c2cccc(O)c2c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5557 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5558 CC(NC(=O)c1cc2cc(O)c(O)cc2o1)C(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5559 CC(NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2C(F)(F)F)cc(O)c1O)c1cccc2cnccc12 AlphaDrug 5NXP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5560 CC(NC(=O)c1cc(C(F)(F)F)cc(O)c1O)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5561 CC(NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)cc2[nH]c(=O)ccc12)c1ccccc1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5562 CC(NC(=O)c1cc2c(Cl)c(OCC(=O)O)c(OCC(F)F)nc2[nH]1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5563 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc3c(c2)CC=CC3)cc(O)c1O)c1ccccc1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5564 CC(C)c1ccc(C(CCc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5565 CC(NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)cc(O)c1O)c1cccnc1 AlphaDrug 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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