DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5611 N=C(N)c1ccc(Oc2ccc(Cl)c(Cl)c2)c(-c2ccc(Cn3ccc(Cl)c(Cl)c3=[N+]=O)cc2)c1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5612 N=C(N)c1cc(Cl)cc(C(=O)/C=C/c2ccc(OCC3CCCCCC3)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5613 Cc1ccc(C(=O)NCCCCO)cc1Oc1ccc(C(=N)N)cc1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5614 N=C(N)c1ccc(Oc2ccc(Cl)c(Cl)c2)c(-c2ccc(CCC3(NC(=O)c4ccc5ccccc5c4Cl)CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5615 N=C(N)c1ccc(Oc2ccc(Cl)cc2)c(S(=O)(=O)CCC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5616 N=C(N)c1ccc(Oc2ccc(N3CCCC3)cn2)cc1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5617 N=C(N)c1ccc(Oc2ccc(Cl)c(Cl)c2)c(OCC(=O)c2ccc(Cl)cc2Cl)c1 AlphaDrug 5ZYL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5618 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CC3CCC(NC(=O)C(=O)O)C3)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5619 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)ccc2-c2ccc3c(c2)CCC3)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5620 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)ccc2C(=O)NCc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5621 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)cc(Cl)c2-c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5622 Cc1ccc(-c2ccc(CO)c(C(=O)O)c2)c(-c2ccc(C(C)CC(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5623 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)ccc2C(=O)Nc2ccc3c(c2)CCCC3)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5624 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)ccc2C(=O)NCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5625 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(Cn3c(=O)[nH]c4ccc(Cl)cc43)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6MKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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