DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5656 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc4c(CN5CC=CCC5)cccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5657 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4cc(C(F)(F)F)ccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5658 COc1ccc(C2=CC(N(C(=O)N3CCCCC3)c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5659 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc4cc(CN5CCCC5)ccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5660 COc1ccc(/C2=C/C3=C(/C=C\c4cc(CN5CCCCC5)c(N)cc42)N(CCO)CCCO3)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5661 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC=C2C(=O)NC2CCCCC2Nc2ccccc2C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5662 COc1cccc(-c2ccc([SH](=O)(CC3CCCC3)c3ccc(OCC4CCCCC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5663 COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cccc(C)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5664 COc1cccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC3C(=O)NC3CCC(C)(C)CC3O)c(C)c2)c1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5665 COc1ccc(S(=O)(=O)NC2=C/C=C\C3=C\C(=C/2)OCCCCOCCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCN3CCN2CCC2CNC(=O)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5666 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5667 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3n[nH]c4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5668 COc1ccc(C2=CC(N(C)C(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5669 COc1ccccc1C(NC(=O)C1CCCCC1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5670 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)OCCCO4)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

5656 to 5670 of 73725 items. Total 4915 pages.