DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5716 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccccc4)c3)s2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5717 COc1ccc([SH](=O)(c2ccc(CC3CCCCC3)cc2)c2ccc(Cl)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5718 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3c[nH]c4ccc(Cl)cc34)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5719 COc1ccc([SH](=O)(c2ccc(CCC3CCCC3)cc2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5720 COc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3ccccc3C(=O)Nc3ccccc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5721 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4ncc(CN5CCCC5)cc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5722 COc1ccc(-n2nc(-c3ccccc3)cc(NCc3ccccc3)c2=O)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5723 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4ccc(Cl)cc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5724 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4[nH]cc(C)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5725 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5726 COc1ccc(C2=CCN(C(=O)CC3(c4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5727 COc1cccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC3C(=O)Nc3ccccc3C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5728 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5729 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)c4c3CC(=O)N4)cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5730 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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