DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5731 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccnc4ccc(OC(F)(F)F)cc34)cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5732 NS(=O)(=O)c1ccc2cnc(Nc3ccc(N4CCN(CCO)CC4)cc3)nc2c1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5733 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccccc3F)cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5734 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(F)c3)cc(NC(=O)Nc3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5735 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5736 CCC(=O)N1CCCC(n2c(-c3ccc(F)cc3)nc3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc32)C1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5737 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc2CN2CCOCC2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5738 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)N3CCC(C(=O)O)CC3)cc(-c3ccc(F)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5JT9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5739 CC1CN(c2cccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)CCN1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5740 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCCCNCC2=O)cc1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5741 Cc1c2c(=O)c(Cl)c(Oc3cccc(N4CCN(C(=O)NCc5ccccc5)C(C)C4)c3)nc-2ccc(=O)n1C1CC1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5742 Cc1cc(F)ccc1N1CCN(C(=O)NCc2ccc(Cl)c(Cl)c2)C(C)C1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5743 CC1CN(c2ccc(N3CCN(c4cccc(Cl)c4)C3=O)cc2F)CCN1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5744 CC1CN(c2ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c2)CCN1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5745 COC(=O)C(C)(C)C(C)(C)c1ccc(N2CCN(C(=O)NCc3ccccc3)C(C)C2)c(F)c1 AlphaDrug 6C7X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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