DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5791 CCCCCCCNC(=O)c1cc(-c2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3O)ccc2C)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5792 CC(=O)c1cc(-c2cc(-c3cc(C(C)(C)C(=O)OC(C)(C)C)ccc3C(=O)O)ccc2N)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5793 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)N2CCC(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3Cl)CC2)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5794 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NC(=O)OC(CC(=O)O)c2cnc(N3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)cc2O)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5795 CC(C)(C)c1cc(C(O)(CC(=O)O)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5796 CC(C)(CO)c1cc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)NCc4cccc(C(=O)O)c4)cc3)ccc2N)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5797 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2cccnc2O)cc1-c1ccc(-c2ccc(N(C)C)cc2)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5798 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CC3=CCN(c4ccc(C(=O)Nc5ccc6ccccc6c5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5799 Cc1ccccc1NC(=O)C1CCCN1C(=O)CCc1ccc(OCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5800 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5801 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(O)cc2)cc1C(=O)N1CCC(N2CCCC2)CC1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5802 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ncon3)cc2)cc1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5803 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5804 Cc1ccc(NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1C(=O)N1CCC(NC(=O)CN2CCOCC2)CC1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5805 Cc1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(N3C(=O)NC(Cc4ccccc4)C3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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