Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5821	O=C(NCCO)c1ccc(NC(=O)C2CCN(C(=O)C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4RRF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5822	O=C1NC(=O)C(c2ccccc2)=C1C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(=O)N2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	4RRF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5823	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4RRF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5824	COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(-c3ccncc3)cc2)cc1CN1CCN(C(=O)CN(C)C)CC1	AlphaDrug	4RRF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5825	CN(C)CCN1CCN(c2ccc(NC(=O)c3ccc(NC(=O)c4ccccc4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4RRF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5826	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccc(N4CC(F)(F)C4)cc3)cc2)c2ccc(C#N)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5827	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5828	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)c2cccc(C(F)(F)F)c2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5829	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5830	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c2ccc(N3CCCC3)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5831	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)c2ccc(Cl)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5832	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5833	CC(N)CCc1cc(C(F)(F)F)nn1Cc1ccc2cc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)ccc2c1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5834	CC(N)CCc1cc(C(=O)NC2CCc3cc(O)ccc32)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5835	CC(N)CCc1cc(C(NCc2ccc(-c3ccccc3OCc3c[nH]nn3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)no1	AlphaDrug	4QDK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

5821 to 5835 of 73725 items. Total 4915 pages.