DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5836 CC1CCC(NC(=O)c2cc3cc(-n4cnc5ccccc5c4=O)ccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5837 COc1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(NC(=O)C4CCCCCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5838 CC1CCC(NC(=O)c2ccc3c(c2)cc(-c2ccccc2)n3CC(c2ccccc2)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5839 CC1CCC(NC(=O)c2cc3cc(OC(C)(C)C)ccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5840 CC1CCC(N(C)C(=O)c2cccc(N)c2)CC1(C)NC(=O)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5841 CC1CCC(NC(=O)c2ccc3c(c2)c2cc(F)ccc2n3S(=O)(=O)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5842 CC1CCC(NC(=O)c2ccc3c(c2)c2ccccc2n3S(=O)(=O)c2ccc(F)c(N)c2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5843 CC1CCC(NC(=O)c2ccc3nc(C4CCCCC4)[nH]c3c2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5844 CC1(NC(=O)CCCN2CCC(N3CCCC3)CC2)COc2ccccc2C1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5845 CC1CCC(N2CCC(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5846 C#CCNC(=O)C(CC(C)(C)C)NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5847 CC(C)(C(=O)NC1(C(=O)NS(=O)(=O)c2cccc(-c3ccc(F)cn3)c2)C=CCCC1)C1C=CCCCC1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5848 Cc1ccccc1-c1cc(Cl)c(O)c(NC(=O)NC(C(N)=O)C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5849 COc1ccc(Cl)cc1CC1CC(=O)NCCCN1S(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5850 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

5836 to 5850 of 73725 items. Total 4915 pages.