DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5881 O=C(NCC(Oc1ccc(N2CCN(c3ncccn3)CC2)nc1)c1ccccc1)c1ccc(NC2CCC2)nc1 AlphaDrug 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5882 O=C1CC(n2c(=O)[nH]c3cc(Cl)ccc32)CCN1c1ccc(N2C=CNCC2)cc1 AlphaDrug 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5883 O=S(=O)(c1cn(C2CC2)c2ccccc12)N1CCN(c2ccc(N3CCNCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5884 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(N2CCNCC2)cc1 AlphaDrug 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5885 CC(C)CC(=O)N1CCC(Nc2nc(-c3ccc(F)cc3)cnc2C(=O)NCCO)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5886 CC(c1ccc2ccccc2c1)N1CCN(c2ccc(NC(=O)Nc3cccc(Cl)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5887 Cc1ccc(Nc2ccc(N3CCN(C(C)c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5888 CC(c1ccc(F)cc1)N1CCN(c2ccc(NC(=O)NC3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5889 CC(c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1)N1CCN(c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5890 CC(c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1)N1C=CN(C(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5891 CC(C)(C)c1ccc(-n2nc(Cc3ccc4ccccc4c3)c3c2CCCC3)cc1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5892 CC(C(=O)O)N1CCN(c2ccc(NC(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)nn3-c3ccc(F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5893 CC(C(=O)N(C)C(F)(F)F)N1CCN(c2nc3ccc(F)cc3s2)CC1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5894 Cc1cc(Nc2ccc(N3CCN(C(C)c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)CC3)cc2)n(C)n1 AlphaDrug 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5895 CN(CC1CCCCCC1)c1nc2ccccc2n1CCCN1CCN(C(=O)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 4UFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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