DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5941 CC(C(=O)NC(=O)Nc1ccccc1)c1ccc2c(C(N)=O)ccc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c2c1 AlphaDrug 5Y8Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5942 Cc1cc(-c2cnc(N)c(C3CC3)n2)cc(Nc2cnc(NC(C)C)nc2C)n1 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5943 CC(C)OC(=O)Nc1ccc(N2CCN(C)CC2)c2ccc(C(C)C(=O)NS(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc12 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5944 CC(C)CNc1nc2c(-c3ccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)cccc2[nH]1 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5945 Cc1nc2c(Oc3ccc(Cl)cc3)nc(C(F)(F)F)nc2n1-c1ccc(OCCN2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5946 Cc1nc2c(Oc3ccnc(NC(=O)c4ccc(N5CCC(C(=O)O)CC5)cc4)c3)cccc2n2ncnc12 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5947 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)n(-c3ccccc3)n2)cc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5948 Cc1nc2c(-c3ccc(F)c(O)c3)ncnc2[nH]1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5949 Cc1nc2c(-c3ccccc3)nc(-c3ccccc3)nc2cc1-c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5950 Cc1nc2c(Oc3ccnc(NC(=O)c4ccncc4)c3)cccc2n1CC(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5951 Cc1nc2c(-c3ccccc3)nc(-c3ccccc3)nc2cc1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5952 Cc1nc2c(Oc3ccc(F)cc3F)ccnc2n1-c1ccc2c(ccn2C)c1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5953 Cc1nc2c(Oc3ccc(C(=O)O)cc3)cccc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5954 Cc1nc2c(Oc3ccc(C(=O)O)cc3)ncnc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6EQP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5955 COc1ccc(Nc2cnc3cc(C(=O)O)ccc3c2)cc1C(=O)O AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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