DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5956 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)O)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(N)n3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5957 COc1ccc(-n2nc(C#CCO)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(N)n3)c3ncccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5958 COc1ccc(-n2nc(C3CCCCC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(OCCO)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5959 COc1cc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cccc3Cl)o2)cc(-c2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5960 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)C#N)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(N)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5961 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)C)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(Nc4ccccn4)n3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5962 COc1ccc(-c2nnc(N3CCOCC3)c3cc(OC)ccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5963 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)C)cc2NC(=O)Nc2ccc(OC3CC3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5964 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)C)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(NC4CCOC4)n3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5965 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5966 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2ccc(S(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5967 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5968 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1cccc(NS(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5969 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3nnnn3CCCC(=O)NO)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5970 CC(C)c1cccc([SH](=O)(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)N(C)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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