DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5926 COc1ccc(C(C)C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5927 CCc1cc(CNC(=O)NC(C(N)=O)C(C)C)cc2ccccc12 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5928 COc1ccc(C(NC(=O)NC2CCC(C)C2)C(=O)Nc2cccc(C)c2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5929 COc1cc(C(=O)Nc2cc(CCCC(=O)Nc3cc(C)ccn3)ccc2C(=O)NC(C(N)=O)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)NC(C)C(=O)O)cc(F)c1F AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5930 COc1cc(C(=O)NCCC2(O)CCN(C(=O)c3ccc(F)cc3)CC2)cc(C(=O)NCC(N)N2CCOCC2)c1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5931 COc1ccc(F)c(-c2cc(CCCC(=O)Nc3ccc(C)c(C)c3)cc(C(=O)Nc3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5932 COc1ccc(C(C)C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(OC(F)F)c(C(C)C)c2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5933 COc1ccc(C(C)C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5934 COc1ccc(C(C)C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C(=O)NC4CCC(C(=O)O)C4)ccc3C)cc2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5935 Cc1ccc(C(=O)Nc2cc(C(=O)O)cc(NC(C)C)c2O)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5936 COc1c(Cc2nc(-c3ccc(-c4cccc(C(=O)NCC(=O)O)c4)cc3)c(N)nc2C)cc(NC(C)C)c(O)c1C AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5937 CC1=CC(c2ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc2)=C2C=C(c3ccc(NC(C)C)nc3)NC(O)=C2NC1=O AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5938 CC(C)Cc1ccc(-n2[nH]c(=O)c3c(C(=O)Nc4ccc(F)c(Cl)c4)cccc32)cc1 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5939 CC(C(=O)NC1=C(c2cccc(F)c2)C(=O)N(C(=O)O)CC1c1ccccc1)c1cccc(F)c1 AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5940 CC(C)Nc1cc(-c2cnn(C)c2)cc(NC(=O)c2ccc(-c3cnc(N)[nH]3)cc2)c1O AlphaDrug 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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