DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5911 O=C(O)c1cccc(CN2CCN(c3cc(C4CC4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c1 AlphaDrug 6G36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5912 O=C(O)CCCNC(=O)NC1CCC(c2cn3c(-c4cncc(C5CC5)c4)cnc3c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 6G36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5913 O=C(O)c1cccc(CNC(=O)C2CC2)c1 AlphaDrug 6G36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5914 O=C(O)c1ccc(-c2nnn3ncc(-c4ccc(OC5CCN(C(=O)NC6CC6)CC5)cc4)cc23)cc1 AlphaDrug 6G36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5915 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)C(CC2CC2)NC(=O)c2cccc(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5916 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)OCC2CC2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5917 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)C(CC2CCCCC2)NC(=O)OCc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5918 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)C(CO)N2CCOCC2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5919 CC1CCN(C(=O)C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5920 CC1=C/C=C\C2C(=O)NCCC3CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCO/C(=C/C=C/C(=N/1)CCC2C(=O)N1CCC(C)CC1)CC(C)(CCO)C3=O AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5921 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)C(CC2CCCCCC2)NC(=O)c2cccc(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5922 CC1CCN(C(=O)C2CCCCC2C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5923 CC1CCN(C(=O)C(CCC2CCCCCC2)NC(=O)c2ccc(S(C)(=O)=O)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5924 CC1CCN(C(=O)C2CCCN2C(=O)CCCc2ccc(-c3cccc(C#N)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5925 COc1ccc(C(C)(C)C(=O)N2COCC(NC(=O)c3ccc(F)c(F)c3)C2)cc1 AlphaDrug 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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