DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5851 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5852 Cc1cccc(-c2cc(Cl)c(O)c(NC(=O)NC(C(N)=O)C(C)(C)C)c2)c1 AlphaDrug 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5853 CC(C)S(=O)(=O)NC(=O)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(C)(C)C AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5854 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)c1cnn(-c2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5855 CC(=O)OC1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5856 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cnc(-c4ccc(F)cc4)nc3N)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5857 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc2n1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5858 CC(=O)Nc1ncc(-c2cc3cc(O)c(O)cc3n2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)s1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5859 CC(=O)Nc1nc2ccc(N(C(=O)c3ccccc3)S(C)(=O)=O)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5860 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5861 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1C AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5862 CC(=O)Nc1nc(N2CCCCC2)nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)[nH]c12 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5863 CC(=O)N1CCCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5864 CC(=O)Nc1ccc(-c2cc3c(O)cccc3n2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5865 NC(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3ccc(C4(NC(=O)c5ccc(-c6cccc(-c7ccc(-c8ccc(F)cc8)cc7O)c6)cc5)CC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6PI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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