DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5806 Cc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(C)cc3O)cc2)cc1 AlphaDrug 5OA6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5807 CC(C)(C)CCNC(=O)c1cc(S(=O)(=O)CCCCNC(=O)c2cccc(C(=O)O)c2)c(Cl)cc1Cl AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5808 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5809 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)CCC(F)(F)F AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5810 Cc1cc(-c2cccc(F)c2)cc(NC(=O)NC(C(=O)NS(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2)C(C)(C)C)c1O AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5811 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)cc(F)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NXI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5812 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccnc1 AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5813 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5814 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2)cc(S(C)(=O)=O)c1)C(=O)O AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5815 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(Cl)c(-c2ccccc2C(=O)O)cc1Cl)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5816 CC(C)(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NXI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5817 O=C(NCc1ccc(O)c(C(=O)NC2CCN(c3cccc(Cl)c3)CC2)c1)c1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4RRF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5818 O=C(NCc1ccc(O)cc1)c1cccc(-c2ccccc2CNC(=O)c2cncc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4RRF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5819 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c2c(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc21 AlphaDrug 4RRF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5820 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4RRF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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