DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5761 CC(C)CC(NC(=O)c1cc2cnc(N)nc2nc1N)c1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5762 Cc1cccc(C)c1NC(CC(C)C)C(=O)Nc1ccc(-c2cccc(N3CCN(C(=O)NC(C)C)CC3)c2)nc1 AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5763 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc2cnccc2n1)NC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)N1CCC(C(=O)O)CC1)C(C)C AlphaDrug 5ISZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5764 CN1C=CN(c2ccc(C(=O)Nc3nc4ccc(-c5ccc(OC(F)(F)F)cc5)cc4[nH]3)cn2)CC1 AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5765 CC(C)Oc1cc2nc(-c3cccc(C(N)=O)c3)cnc2cc1OCc1ccccc1 AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5766 CC(C)CC(NC(=O)c1cc2ccncc2[nH]1)C(=O)Nc1cnn(-c2ccc3c(c2)CN(C)C3)c1N AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5767 CC(C)CC(NC(=O)OC(C)(C)C)C(=O)Nc1cc2cnc(N)nc2nc1N1CCN(C(=O)C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5768 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1C(=O)Nc1cccc(CN2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5769 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5770 Cc1cc(F)cc(NC(=O)c2c(-c3cccc(Cl)c3)cc(F)nc2N)c1F AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5771 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(CNC(=O)c3cccnc3)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5772 Nc1nc(NCC2CCCCC2)nc(C2CCCCN2)n1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5773 Nc1nc(F)cc(-c2ccc(Cl)cc2)c1C(=O)Nc1cc(F)c(Cl)cc1F AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5774 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(CNC(=O)c3cnc(-c4ccccc4)cn3)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5775 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(CNC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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