DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5701 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(NC4CCCCC4)c3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5702 COc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CCC(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5703 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5704 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(NC(C)C4CCCCC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5705 COc1ccc([SH](=O)(c2ccccc2)c2ccc(CC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5706 COc1ccc(S(=O)(=O)N(CCc2ccccc2)C(Cc2ccccc2)C(=O)NC(C)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5707 COc1ccc(C(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)NC(=O)c3ccccc3)s2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5708 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CCCC(=O)C(=O)N(C)CC(O)CCO4)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5709 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(C3(c4ccc(Cl)cc4)CCCC3)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5710 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4cccc(Cl)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5711 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5712 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(C(C)(C)NC(=O)C4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5713 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(CC4CCC(N)C4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5714 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3nc(C4CCCCC4)cs3)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5715 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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