DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5776 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5777 Nc1nc(F)cc(-c2cccc(CNC(=O)c3cnc(NCCO)s3)c2)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4Y79 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5778 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(c1)COC(=O)C2 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5779 CC(C)Oc1ccccc1/C=N/C(=O)c1cc2c(O)cc(C(=O)c3c[nH]c4ccccc34)cc2[nH]1 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5780 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(c1)sc1ncc(Cl)cc12 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5781 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc(CC(=O)NCc2ccc3c(c2)OCO3)cc1 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5782 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(c1)cc(-c1cccc(Cl)c1)c1cc(CN3CCCCC3)ccc12 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5783 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(C3=CCN(c4cnc5ccccc5c4)CC3)cccc2c1 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5784 CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc2c(C3=CCN(c4ccc(F)cc4)CC3)cccc2c1 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5785 Cc1c(C(=O)N2CC=C(c3cccc4cc(C(=O)N(C)Cc5ccccc5)ccc34)CC2)cnc2ccccc12 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5786 CCC(C)N1CCC(Oc2ccc(C(=O)Nc3ccc(C)c(S(C)(=O)=O)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J6A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5787 CC(C)CNc1cc(-c2cc(-c3cc(C(C)(C)C(=O)O)ccc3C(=O)O)ccc2O)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5788 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc2)nc1SCC(=O)NC(CO)c1ccc(O)c(C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5789 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2O)ccc1O AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5790 Cc1ccccc1CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(O)c(C(=O)NC(=O)N(C)CC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

5776 to 5790 of 73725 items. Total 4915 pages.