DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6001 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(O)cc(C(F)(F)F)c2)c2cccc(NC(=O)Nc3ccccn3)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6002 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccnc(NC(C)(C)CO)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6003 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2cccc(C3=NCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6004 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2cccnc2)cc1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6005 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(-c2cccnn2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6006 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cccc2c(O)cccc12 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6007 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)cc2)c2ccc(C3(C(=N)N)CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6008 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(=O)(=O)c2cccc(F)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6009 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6010 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(O)c(O)c2)c2cccc(CCCCC(=O)NO)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6011 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2ccc(-c3ccccc3)cc2CCCCC(=O)NO)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6012 Cc1nc2cc(-c3cc(F)cc(N(C)c4ccc(S(=O)(=O)C(F)(F)F)cc4)c3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6013 CC(C)CN(CC(=O)NC1CCCCC1)Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6014 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCN(C(=O)C(N)=O)CC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6015 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCCCC3)cn2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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