DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6046 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2cccnn2)cc1)c1cccc(NS(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6047 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6048 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6049 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6050 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(N3CCN(C(=O)N4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6051 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2cccnc2)cc1)c1cccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6052 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6053 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(/C1=C/C=C\c2cccc(C(F)(F)F)ccc1c(=O)[nH]2)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6054 COc1ccc(C2CN(C(=O)Nc3ccc(F)c(NC(=O)NC4CCCC(C)CC4)c3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6055 COc1ccc(C2CN(C(=O)Nc3ccc(F)c(NC(=O)NC4CCCC(F)(F)C4)c3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6056 COc1ccc(C2CN(C(=O)Nc3cc(-c4ccc(F)cc4)cs3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6057 COc1ccc(C2CN(C(=O)Nc3ccc(F)c(NC(=O)NC4CCCCC4C)c3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6058 COc1ccc(C2CN(C(=O)Nc3ccc(F)c(NCc4cccc(C#N)c4)c3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6059 COc1ccc(C2CN(C(=O)NCc3cc(F)cc(F)c3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6060 CC(C)CC(NC(=O)c1cccc(-c2ccccc2)n1)C(=O)NCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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