Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6091	Cc1ccc2cc(-c3c(C(CCC(=O)O)C(=O)O)n[nH]c3C)ccc2c1	AlphaDrug	5VCW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6092	Cc1ccc2cc(-c3cc4cccc(Oc5ccccc5)c4s3)ccc2c1C	AlphaDrug	5VCW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6093	Cc1ccc2cc(-c3cc4cc(Oc5ccccc5F)ccc4[nH]3)ccc2c1	AlphaDrug	5VCW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6094	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(-n5nccn5)cc4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6095	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(-c5ccc(N6CCOCC6)cc5F)cc4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6096	Cc1ccc(C(O)C2CCN2C(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6097	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(-c5cncnc5)cc4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6098	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(N5CCOCC5)cc4F)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6099	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4-c4ccccn4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6100	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(-c3cccc(-c4ccc(N5CCN(c6cnc7ccccc7c6)C5=O)cc4)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6101	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4ccc(C#N)cc4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6102	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(C3CCN(C(=O)c4cc(C)c(Cl)cc4-n4cncn4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6103	Cc1ccc(-c2nc(N)nc(-c3cccnc3OCC(=O)O)n2)cc1	AlphaDrug	4M7J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6104	CC1CCCCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1N1CCC(N(C)C)CC1	AlphaDrug	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6105	CC1(NC(=O)c2cc(F)cc(-c3ccc4cccc(Cl)c4c3)c2)CCCCC1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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