DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6151 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3ccc(OC4CC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6152 CN(C)CCCNC(=O)Nc1ccc(Oc2ccc(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)cc2)c(N)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6153 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(N5CCCCC5)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6154 COc1ccc2cccc(CCC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6155 COc1cccc(-c2cc(C)n3c(-c4cccc(C)c4)nnc3c2)c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6156 COc1cc(Cl)cc(-c2cc(C)n3c(-c4cccc(Cl)c4)nnc3c2)c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6157 COc1ccc2cccc(CCC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6158 N#Cc1ccc(C(=O)N2CCCC(n3cc(-c4ccc(Oc5ccccc5)cc4)c4c(N)ncnc43)C2)cc1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6159 NS(=O)(=O)Oc1ccc2nc(-c3cnn4ccccc34)ccc2c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6160 COc1cccc2ccc(C(=O)c3cn(C)c4cc(-c5ccc(F)cc5)ccc4c3=O)cc12 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6161 COc1cc(-c2cc(C)c3c(C(=O)NCC(O)c4ccc(F)cc4)cccc3c2F)ccc1F AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6162 COc1cc(F)cc(-c2cc(C)n3c(-c4cccc(Cl)c4)nnc3c2)c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6163 COc1cccc(CN2CCC(c3cc(OC)c4ccccc4c3)CC2)c1 AlphaDrug 5AVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6164 Nc1ncc(-c2cccc(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(NCCN5CCOCC5)c4)cc3)c2)c2nnn(CC3CC3)c12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6165 Nc1ncc(-c2cc3c(C4CC4)nc(-c4ccc(Cl)cc4)nn3c2Cl)c2nnncc12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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