DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6181 CC1(C)CC(C(=O)NC2CCCC(c3cccc(F)c3)C2)/C(C(=O)OC(C)(C)C)=C\CC(C)(C)C(C)(C)C1 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6182 CC(C)(C)OC(=O)/C1=C/CC(C)(C)C(C)(C)CCN(C(=O)NC(Cc2ccccc2)c2ccccc2)C1=O AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6183 CC1(C)CCCC(CCN2C(=O)CC2NC(=O)C2(C)/C(C(=O)OC(C)(C)C)=C\CC(C)(C)C(C)(C)CCC2C(=O)NO)OC(=O)CC1 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6184 O=C(NCC1CCCC(N2CCCCC2)CC1)Nc1ccc2cccc(C#Cc3ccccc3)c2c1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6185 O=C(NC1CCCCC1)c1cc(-c2ccc(O)cc2)nc(-c2ccc(N3CCNCC3)cc2)n1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6186 O=C(NCC1COc2ccccc21)Nc1ncc2cccc(-c3ccc(N4CCNCC4)cc3)c2n1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6187 C#Cc1ccc(NC(=O)NC2CCC(NC(=O)c3cnc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6188 O=C(Nc1ccc2ccccc2c1)NC1CCCC(Nc2ccccn2)C1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6189 O=C1NCC(COc2cccc(Nc3ncc(N4CCOCC4)cc3Cl)n2)c2ccccc2N1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6190 O=P(O)(OCCCO)OC1CC(CO)OC1C1COc2ccccc21 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6191 O=C(c1ccccc1)N1CCN(Cc2ccc(Nc3nc(N4CCOCC4)ncc3Cl)cc2C2CC2)CC1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6192 O=C(NCC1CCC(n2c3ccccc3c3ccccc32)CC1)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6193 O=C(NCC1CCCN(c2cccc(-c3ccccc3)c2)C1)Nc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 5ANU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6194 COc1ccc(-n2c(C3CCCC3C(=O)NS(=O)(=O)C(C)C)nc3cc(F)ccc32)cc1 AlphaDrug 5LVQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6195 COc1ccc(-n2c(C3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)nc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5LVQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

6181 to 6195 of 73725 items. Total 4915 pages.