DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6166 Nc1ncnc2c1c(SCc1cccc(-c3ccccc3)c1)nn2CCSc1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6167 Nc1ncc(-c2cccc(CCN3CCCC3)c2)c2nnn(Cc3cccc(-c4cccnc4)c3)c12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6168 Nc1ncc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc(-c4ccc(F)cc4)c3)cc2)c2nnn(CC3C=CCCC3)c12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6169 Nc1ncc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)cc2)c2csc(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)c12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6170 Nc1ncc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)cc2)c2cc(Cc3ccccc3)ccc12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6171 Nc1ncc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)cc2F)c2cc(CN3CCOCC3)ccc12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6172 Nc1ncc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)cc2F)c2cc(CSc3ccc(F)cc3)ccc12 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6173 Nc1ncnc2c1c(SC1CCCCC1)nn2CCC1CCN(C(=O)c2ccccc2)C1 AlphaDrug 6EUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6174 CC(COc1cccc(-c2ccc3c(c2)/C(C(=O)OC(C)(C)C)=C\CC(C)(C)C(C)(C)CCNC3=O)c1)C(=O)O AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6175 CC(C)(C)OC(=O)/C1=C/CC(C)(C)C(C)(C)/C=C\NC(=O)c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc21 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6176 CC(C)(C)OC(=O)/C1=C/CC(C)(C)C(C)(C)CCNC(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc21 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6177 CC(C)Oc1ccc([CH-]C(=O)c2ccc3c(c2)/C(C(=O)OC(C)(C)C)=C\CC(C)(C)C(C)(C)CCNC3=O)cc1 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6178 CSc1nc(-c2cccc(Cl)c2)nc(-c2cccc(N3CCC(C(=O)O)CC3)c2)c1C AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6179 CC(C)(C)OC(=O)/C1=C/CC(C)(C)C(C)(C)CCNC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(F)F)c3)cc21 AlphaDrug 6GJW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6180 CC(C)(C)OC(=O)C1=CCC(NC(=O)NC(=O)C2CCCC(NC(=O)c3cccc(-c4ccccc4)c3)C2)CC1 AlphaDrug 6GJW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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