DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6136 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(-c2ccccc2)c1C(=O)O AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6137 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(N2CCC(N3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)CC2)c1O AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6138 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(N2CCN(C3CC3)CC2)n1 AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6139 Cc1cc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)CN4CCOC4)CC3)cc2)cc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)n1 AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6140 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(N2CCC(N3CCN(C(=O)c4ccc(C(N)=O)cc4)CC3)CC2)n1 AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6141 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(-c2cc(N3CCC(C(=O)O)CC3)nc(N)c2C(=O)O)c1O AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6142 Cc1nc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc(-c2ccc(N3CCN(C4CC4)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6143 Cc1cc(-c2ccnc(NCc3ccc(C(F)(F)F)cn3)n2)cc(NCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)n1 AlphaDrug 5K9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6144 CS(=O)(=O)Cc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6145 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(C(=O)O)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6146 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6147 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6148 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc(OC4CC4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6149 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(-c3ccc(OC4CCCC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6150 COc1cc(Nc2ncnc3cc(-c4ccc(CC(C)(C)C)cc4)ccc23)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6OM8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

6136 to 6150 of 73725 items. Total 4915 pages.