DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6076 CN1CCN(c2cc3cc(Nc4ccc(Cl)c(Cl)c4)ncc3cc2NC(=O)c2ccc(N3CCOCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6077 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccccc4NC(=O)c4ccc(F)c(Cl)c4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6078 CN1CCCN(C(=O)c2ccc3c(c2)ncn3-c2ccc(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6079 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(C)(C)NC(=O)c4ccc(F)cc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6080 CN1CCN(C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(Cl)c(Cl)c4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6081 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C#CCC(=O)Nc4ccccc4N)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6082 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc(F)cc5)CC4)nn3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6083 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)Nc4cc5c(cc4OCC(F)(F)F)CCCC5CN)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6084 Cc1ccc(NC(=O)CN2CCC(Nc3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6085 Cc1ccc2cc(-c3cc4c(Oc5cccc(C(F)(F)F)c5)cccc4[nH]c3=O)ccc2c1 AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6086 Cc1ccc2cc(-c3c(Cl)cnc(N)c3Cl)ccc2n1 AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6087 Cc1ccc2cc(-c3cnn(Cc4ccccc4)c3C)ccc2c1C AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6088 Cc1cc(-c2nc3cc(C(=O)NC4CCCCC4)ccc3cc2C)ccc1Cl AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6089 Cc1ccc2cc(-c3cc4cc(OCC(=O)O)c(Cl)cc4[nH]3)ccc2c1 AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6090 Cc1ccc2cc(-c3cc4cc(Oc5cccc(C(F)(F)F)c5)ccc4[nH]c3=O)ccc2c1 AlphaDrug 5VCW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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