Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6061	COc1ccc(C2CN(CC(=O)NCC(C)C)C2COc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5LYR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6062	Cc1nc(C)n(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCN3C(=O)OC(C)(C)C)cc2)c1C	AlphaDrug	5LYR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6063	COc1ccc(C2CNCC(c3ccc(C(F)(F)F)cn3)C2)cc1	AlphaDrug	5LYR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6064	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCC(C(=O)O)CC4)ccc3C)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6065	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(=O)N3CCOCC3)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6066	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(N4CCc5cc(C(F)(F)F)ccc5C4=O)ccc3C(F)(F)F)CC2)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6067	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(O)cc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6068	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(-c4nc(C(C)(C)C)no4)ccc3O)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6069	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(=O)NCCN3CCOCC3)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6070	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)ccc3C)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6071	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6072	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(NC(=O)C3CCN(C(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6073	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cs3)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4ZV1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6074	Cc1cc(-c2ccc(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)cc2)ccc1CN1CCN(C)CC1	AlphaDrug	6EQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6075	CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccccc4NC(=O)Nc4cccc(N)c4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6EQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

6061 to 6075 of 73725 items. Total 4915 pages.