Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6106	CC1CCCCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6107	CC1CCCCN1C(=O)Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6108	CSc1cc(-c2ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc2)nc(N2CCCC2C)c1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6109	CC1CCCN1C(=O)CCc1ccc(-c2ccc(C(N)=O)cc2)cc1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6110	CC1CCCCN1C(=O)c1cc(F)cc(-c2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2N)c1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6111	CC1CCCCN1C(=O)Cc1cccc(-c2cccc(C(C)(C)C#N)c2)c1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6112	CC1CCCCN1C(=O)c1cc(F)cc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2N2CCC(NC(=O)C3CC3)CC2)c1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6113	CC1CCCCN1C(=O)c1cc(C(=O)NC2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4C52	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6114	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(Cl)c2OC)CC1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6115	Cc1nc(NC(=O)C2CCCCC2)nnc1-c1ccc2nc(C)n(C(C)C)c2c1	AlphaDrug	5N2Z	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6116	CC(C)(C)C(=O)NC1CCC(NC(=O)NC(=O)C2CCCCC2NC(=O)C2CCCCN2S(=O)(=O)c2ccc3c(c2)C(C)(C)CCC(=O)NC3)CC1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6117	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C#N)cc(NCc3nc(N4CCN(C)CC4)ncc3C)n2)CC1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6118	COc1ccc(-n2nc(C3CCCCC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(C)cc2)cc1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6119	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(CN4CCNCC4)c(C)c3)cc3ccncc23)CC1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6120	CCC(=O)N1C=CC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	5N2Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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