DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6031 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6032 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(=O)(=O)c2cccc(C3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6033 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccccn2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6034 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3=NCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6035 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(F)cc1)c1ccc(-c2cccc3cc(OCC(F)(F)F)ccc23)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6036 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(Nc1ccc(N2CCCCC2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6037 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1cccc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6038 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc(N3CCCCC3)nc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6039 Cc1nc2cc(-c3cc(F)cc(N(C)c4cccc(CCCC(=O)NO)c4)c3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6040 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)c2cccc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6041 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6042 CN(c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1cc(C(F)(F)F)cc(S(=O)(=O)N2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6043 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc2ncccc2c1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6044 CN(c1ccccc1)[SH](=O)(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6045 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(O)cccc3c2)cc1 AlphaDrug 5MGL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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