DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6226 Oc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(F)cc3OC(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6227 O=C(NC1CC1)c1ncn(-c2ccc(-c3cccc(-c4ccc(O)cc4)c3)s2)n1 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6228 O=C(c1cccc(Cl)c1)c1sc(-c2ccc(F)cc2)c(C2CCCCC2)c1-c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6229 Oc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(-c4ccc(F)c(C(F)(F)F)c4)cc3C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6230 Oc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6231 O=C(NC1CCCCC1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1)c1cc(Cl)ccc1-c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 4O6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6232 O=C(c1ccc(O)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)cc2ccccc12 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6233 O=C(O)c1c(C2CC2)sc2c(-c3cccc(-c4ccc(O)cc4)c3)cccc12 AlphaDrug 4O6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6234 CC(C)NS(=O)(=O)Nc1ccc(-c2ccc3nc(-c4cccc(Cl)c4)cn3c2)cn1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6235 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6236 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OC3CCN(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6237 CC(C)(C)c1cc2c(NC(CCN)c3ccccc3)ncc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2c1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6238 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OCCN3CCN(c4cccnc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6239 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)C(O)CCNC3=O)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6240 O=C1CC(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)cc2)(c2ccc3c(c2)OCCCO3)N1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

6226 to 6240 of 73725 items. Total 4915 pages.