DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6286 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6287 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccc(F)cc3)cc2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6288 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3cccc(-c4ccc(F)cc4)c3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6289 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)c3cccnc23)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6290 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)cc2)cc(C2CC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6291 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6292 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2c1CC(O)CC2 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6293 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2scc(CC(=O)N3CCN(C)C3)c12 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6294 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c(F)c3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6295 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4Cl)c(F)c3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6296 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(CNC(=O)c4ccc(N5CCOCC5)cc4)cc3)cc2)nc(C2CC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6297 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)C3CCN(CC(=O)O)CC3O)cc2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6298 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)NC3CCCCC3)cc2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6299 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C5CC5)cc4)C=CCCC3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6300 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C5CCCC5)cc4)CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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