DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6301 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3cccc(NC(=O)C4CCCCC4)c3)cc2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6302 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CCCCC3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6303 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)c2cccc(Cl)n2)c1 AlphaDrug 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6304 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)c(F)c3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6305 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(C)(C)O)cc4)CCCCC3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6306 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)c(C)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6307 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C5CCCCC5)cc4)C=CCC=C3)cc2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6308 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C5CC5)cc4)CCCCC3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6309 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)C=CCCC3)c(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6310 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)C(=O)Nc4ccccc4F)CCCCC3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6311 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(C2CCN(c3cccc(Cl)c3)C2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6312 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6313 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)c(N)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6314 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4cc[nH]c4c3)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6315 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2cccc(CCCC(=O)O)c12 AlphaDrug 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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