DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6361 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(N4CCC(C(=O)O)CC4)nn3)CC2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6362 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6363 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2O)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6364 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6365 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3cc(O)c4ccccc4n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6366 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6367 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4cccc(N5CCN(C6CC6)CC5)c4)cc3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6368 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c4)CCCCC3)c(F)n2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6369 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(N5CCOCC5)cc4)CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6370 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(C2CCNC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6371 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6372 CC1CCCN(c2cc(-c3n[nH]c4ccccc34)ccc2CC2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6373 O=C(O)c1cccc(NC2CCN(C(=O)C(=O)C3CCCN(C(=O)C4CCCCC4)C3)CC2)c1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6374 CC1CCN(C(=O)c2ccc(O)c(Nc3n[nH]c(-c4ccc(O)c(F)c4)n3)c2)CCN1CCN(C)C AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6375 CC1CCN(C(=O)c2ccc(O)c(Nc3n[nH]c(-c4ccc(O)c(Cl)c4)n3)c2)CCN1CCN(C)C AlphaDrug 2F2C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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