DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6391 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C5CCCCC5)c4)c4ncn(C)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6392 CC1CCCN(c2ccc(C(C)(C)Nc3cc(NC(=O)c4ccc(OC(F)F)cc4)[nH]n3)cc2)C1O AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6393 CC1CCCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(-n4cccn4)cc3)ccc2C2(F)CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6394 CC1CCCN(c2cc(-c3cnc4[nH]c(C5CCCC5)nc4c3)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6395 CC1CCCN(c2cc(-c3cc(C(N)=O)c4[nH]ccc4c3)ccc2C2=CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6396 CC1CCCN(c2cc(-c3cc(Cc4ccccc4)no3)cc(C(C)(N)CO)c2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6397 O=C(Nc1ccc(OC2CCC(O)CC2)cc1)Nc1ccc(O)c(NC(=O)c2cccc(N3CCC(F)(F)CC3)c2)c1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6398 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(Nc4cc(N5CCCC5)ccn4)c4ncn(C)c4n3)cc2)C1O AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6399 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(CC5CCCC(N)N5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6400 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(Nc4cc(N5CCOCC5)ccn4)c4ncn(CC5CCCC5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6401 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(Cl)c4)c4ncnn4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6402 CC1CCCN(c2cc(-c3cc(Cc4ccccc4)no3)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6403 Oc1ccc(-c2c[nH]c3cc(OC4CCC(O)CC4)ccc23)cc1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6404 CC1CCCN(c2cc(C(C)(N)c3c[nH]c4ncc(F)cc34)ccc2C2CC=CCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6405 CC1CCCN(c2cc(-c3noc4cc(C(N)=O)ccc34)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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