DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6376 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(C5CCCCC5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6377 CC1CCCN(c2cc(-c3c[nH]c4ccc(C(N)=O)cc34)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6378 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C3CCCCC3)c(N3CC=CC(C)C3)c2)on1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6379 O=C(O)c1cccc(NC2CCC(NS(=O)(=O)C3CCC(Nc4cc(-c5ccccc5)ccn4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6380 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4ccc(Cl)c(O)c4)c4ncnn4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6381 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4ccc(Cl)c(F)c4)c4ncnn4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6382 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(C4=CC5(CCC4)CNC5=O)nc(NC(=O)c4ccc(F)cc4)n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6383 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(Nc4cc(F)cc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(C5CCCC5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6384 CC1CCCN(c2cc(C(C)(N)c3c[nH]c4ccc(F)cc34)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6385 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(C5CCCC(N6CCCC6)C5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6386 O=C(NC1=C/C=C2\NC3N\C2=C/C=C2/C=CN2CCC(F)(F)CC\C3=C\1)Nc1ccc(OC2CCC(O)CC2)cc1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6387 CC1CCCN(c2cc(C(N)(CO)Cc3cccc(O)c3)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6388 CC1CCCN(c2cc(C(C)(N)c3c[nH]c4ccc(F)cc34)ccc2C2=CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6389 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(CC(=O)N5CCC6CCN(CC6)CC5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6390 CC1CCN(C(=O)c2ccc(O)c(Nc3n[nH]c(-c4cccc(F)c4)n3)c2)CCN1CCN(C)C AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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