Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6316	Cc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6317	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2cccc(CO)c12	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6318	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)CC3CCCCC3)cc2)cc(C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6319	Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NC(=O)c4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)nc4)cc3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6320	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4cc(O)cc(O)c4)CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6321	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(N5CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC5)nc4)CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6322	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3O)cc2)cc(C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6323	Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c4ccccc34)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6324	Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4c(c3)CCCO4)CC2)c(C)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6325	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)c3ccncc23)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6326	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc5ccccc5c4)CCCCC3)c(C)c2)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6327	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc2Cl)cc(C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6328	Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4cc(C(F)(F)F)ccc4c3)CC2)c(Cl)c1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6329	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)c3ccc(O)cc23)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6330	Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)c4ccc(C5CCCCC5)cc4)C=CCCC3)nc2)cc1	AlphaDrug	4AAW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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