Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6256	CC1(c2ccc(-c3cccc(N4CCN(C(=O)C5CCCCC5CCCCC5CCCCCC5)CC4)c3)cc2)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6257	CC1(c2ccc(-c3cc(F)cc(F)c3)cc2)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(N3CC=CCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6258	CC1(C(=O)NCc2ccccc2)CCN(S(=O)(=O)Nc2cccc(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6259	CC1(C(=O)NCCCCCCCNC(=O)CN2CCCCC2)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-n3cnc(-c4ccccc4)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6260	CC1(c2ccc(-c3cccc(C(=O)NO)c3)cc2)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6261	CC1(C(=O)NCc2ccccc2)CCN(S(=O)(=O)c2cccc(NC3CCCCCC3)c2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6262	CC1(C(=O)NC2CCCCCC2)CCN(S(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6263	Cc1cc(-c2ccc(C3(C)CCN(S(=O)(=O)c4ccc(N5CCCCC5)cc4)CC3)cc2)ccn1	AlphaDrug	5DH4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6264	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N/C(=C/C2CCC(NC(=O)c3cccc(O)c3)CC2)C2CC2)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6265	CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6266	COc1cc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NCC(CC(=O)O)C(=O)O)ccc1C(C)C	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6267	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4cccc5ccccc45)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6268	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3cccc(OCC(=O)Nc4cccc(OCC(=O)O)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6269	CC(C)c1ccc(-c2cc3c(c(=O)n2C)N(C)c2cc(-c4ccccc4)ccc2N3C)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6270	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(O)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5NXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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