DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6271 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc3c(ccn3C)c2Cl)cc1 AlphaDrug 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6272 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NCC(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCC(=O)O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6273 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4ccc(Cl)cc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6274 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6275 Cc1ccc(-c2ccc(CC3(NC(=O)C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6276 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6277 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3cccc(CCCC(=O)Nc4ccccc4)c3)cc2)cc(C2CC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6278 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2c1OC(C)CC2 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6279 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc4c(c3)CCCCO4)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6280 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)c2cccc(OCC(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6281 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc(S(=O)(=O)CCC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6282 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2c1OC(C)(C)C(O)CC2 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6283 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc2c1C(=O)N(CC(O)CO)C(C)C2 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6284 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3cc(O)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6285 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c4ccccc34)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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