DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6241 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)OCC(NC(=O)c2cc4cnccc4c(=O)[nH]2)C3)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6242 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OCCCN3CCNCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6243 CC(C)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6244 CC1(C)CCCCC1C(NC(=O)c1cc2ccccc2o1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6245 CC1(C)CCCCC1C(NC(=O)c1ccc(C2CC2)cc1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6246 CC1(C)CN(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)CC1OC(=O)N1CCCC1C(=O)O AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6247 Cc1ccc(C(=O)c2ccc(C(N)=O)cc2)cc1C(=O)N1CCC(C)(C)C1 AlphaDrug 5ZDB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6248 CC1(C)CC=CCC1C(NC(=O)c1ccc(N2CCC3(CC2)NC3=O)cc1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6249 CC1(C)CCCCC1C(NC(=O)c1ccc(Cl)c(Cl)c1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6250 CC(C)(C)NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CCCCC(C(=O)O)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6251 CC1(C)CCCCC1C(NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6252 CC1(C)CCCCC1C(NC(=O)c1ccc(C2CCCC3(CC2)NC(=O)NC3=O)cc1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6253 CC1(C)CCC=CC1C(NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1ccc(N2CCCCC2=O)cc1 AlphaDrug 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6254 CC1(C)CCCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc2C(=O)N2CCCCC2)C1 AlphaDrug 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6255 CC1(c2ccc(-c3ccccc3C(=O)NO)cc2)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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