DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6451 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4ccc(N)cc4)c4ncnn4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6452 O=C(Nc1ccc(OC2CCC(O)CC2)cc1)Nc1ccc(O)c(NC(=O)c2cccc(N3CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6453 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(Nc4cc(C5CCCC5)ccn4)c4sccc4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6454 CC1CCCN(c2cc(-c3cc(Cc4ccccc4)n[nH]3)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6455 CC1CCCN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(CC5CCC(N)C5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6456 CC1CCCN(c2cc(C(C)(N)c3c[nH]c4nc(-c5ccccc5)ccc34)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6457 CC1CC=CN(c2ccc(-c3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ncn(CC5CCCC(N)C5)c4n3)cc2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6458 CC1CCCN(c2cc(-c3nc4c(Cc5ccccc5)cccc4[nH]3)ccc2O)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6459 CC1CCCN(c2cc(-c3noc4cc(C(N)=O)cc(F)c34)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6460 CC1CCCN(c2cc(-c3cnc4[nH]cc(C(N)=O)c4c3)ccc2C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6461 CC1CCCN(c2cc(-c3cc(Nc4ccncn4)c4ncn(C)c4n3)ccc2C2=CCCCC2)C1 AlphaDrug 2F2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6462 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(OC3CCOCC3)c2)cc(Cl)c1O)c1cncnc1 AlphaDrug 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6463 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6464 CC(C)(C)c1cc(-c2cc(Cl)ccc2C(=O)OCc2ccc(C(=O)O)cc2)on1 AlphaDrug 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6465 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc3c(c2)OCO3)cc(Cl)c1O)c1ccccc1 AlphaDrug 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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