DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6496 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6497 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCC(C3CCCCC3)C2)cc(C(C)(C)c2ccc(O)c(O)c2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6498 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(NC2CCc3ccccc32)cc(C(C)(C)c2cc(O)c(O)cc2O)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6499 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cnnn4-c4ccc(CC(O)c5ccccc5)cc4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6500 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6501 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5ccc(C)c(O)c5)c4)cnc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6502 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5ccc(O)c(O)c5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6503 COc1cc(-c2n[nH]c3ccc(-c4cccc(CCC(O)c5nc(C)n[nH]5)c4)cc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6504 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(C(C)(C)c2cc(O)c(O)c3[nH]c4ccccc4c23)c1 AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6505 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)c2cc(O)c3[nH]c4ccccc4c3c2)cc(N2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6506 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(C(C)(C)c2cc(O)c3ccc(F)cc3c2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6507 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(N3C=CC4(CC3)CC(Cc3ccc(F)cc3)C4)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6508 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(N(C)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6509 COc1cc(-c2ccc(COC3CCN([SH](C)(=O)c4ccc(O)c(OC)c4)C(c4ccc(C(=O)O)cc4)C3)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6510 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(-c5cnnn5/C=C/CC5CCCCC5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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