DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6556 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5cc(-c6ccc(F)cc6)on5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6557 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(N(C)c3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6558 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4c(NCCC(O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)ccnc4C)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6559 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2cc(F)cc(-c3cccnc3)c2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6560 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5n[nH]c6cc(O)ccc56)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6561 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2ccc(C(N)=O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6562 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCC(c3ccccc3)C2)cc(C(C)(C)c2ccc(O)c(O)c2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6563 Cc1cc(O)c(C(c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)c2cc(-c3ccccc3)ccc2O)o1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6564 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)c2ccc(O)c(O)c2)cc(N2CCC(OC)C2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6565 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCCC(C(=O)O)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6566 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5cc(-c6ccc(F)cc6)ncn5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6567 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(NC(=O)Cc3cccc(-c4cccnc4)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6568 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(C2(c3ccc(O)c(O)c3)CCCC2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6569 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(NC(C)c3cc(OC)c4ccccc4c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6570 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5ccc(C#N)c(O)c5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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