DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6511 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)(C)c2ccc(O)c(O)c2)cc(N2CCCC2)c1OC AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6512 CC(NC(=O)c1ccc(-c2cc(-c3cc(-c4ccc(CC5CCCC5)c(O)c4)ccn3)ccc2O)cc1)c1cccc(S(C)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6513 COc1ccc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5nc(-c6cccc(C)c6)n[nH]5)c4)ccc23)cc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6514 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cc(C(=O)O)cc(-c4ccccc4)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6515 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2ccc(C)c(C(=O)O)c2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6516 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C(=O)O)c3)CC2c2cc(F)cc(-c3ccncc3)c2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6517 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(-c4cccnc4)c3)CC2c2ccc(CC(=O)O)c(F)c2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6518 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(NCC(O)c3cc(O)c(O)c(O)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6519 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)c2cc(O)c(O)cc2O)cc(N2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6520 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCNC(=O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6521 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(N(C)c3cc(-c4cccnc4)cc(C4CC4)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6522 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(C4=C/c5cccc(c5)C(O)CC/C(c5ccccc5)=C/C=C\4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6523 COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2c2cc(N)cc(F)c2)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6524 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cc(C(O)c5cccc(C(F)(F)F)c5)cc(N(C)C)c4)ccc23)ccc1O AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6525 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)c2ccc(O)c(O)c2)ccc1OCC1CCc2ccccc21 AlphaDrug 5MMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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