Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6466	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc(F)c(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(C)(=O)=O	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6467	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cc(O)cc(F)c1	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6468	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(O)c1	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6469	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cc(F)cc(Cl)c1	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6470	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc3c(c2)CCCC3)cc(O)c1O)c1ccccc1	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6471	Cc1nn[nH]c1C(C)(C)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc(Cl)c1O	AlphaDrug	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6472	Cc1c(Cl)ccc2cc(C(C)C(=O)N3CCN(c4cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c4)CC3)ccc12	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6473	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cccc(Cl)c3)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccc(F)c1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6474	Cc1ccc(Cl)cc1NC(=O)C(C)c1cnc(-c2cncc(C(C)(C)C#N)c2)c(Cl)c1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6475	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccc2c(Cl)ccnc12	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6476	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(C)(C)C(=O)NS(=O)(=O)c3cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c3)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccc2c(Cl)c(Cl)ccc12	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6477	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc4c(c3)C(F)(F)CCCO4)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6478	Cc1cccc(C(C)C(=O)N2CCN(c3cc(C(=O)NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)cc(Cl)c3Cl)CC2)c1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6479	Cc1nc(NC2CC2)nc2ccc(C(C)C(=O)N3CCN(c4cc(C(F)(F)F)cc(Cl)c4C(F)F)CC3)cc12	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6480	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(F)cc3)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccnc1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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