Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6481	CC(C(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cc(F)cc(Cl)c3)cc(Cl)c2Cl)CC1)c1cccc(F)c1	AlphaDrug	5IYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6482	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(C(O)C(O)c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6483	COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(-c4ccccn4)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6484	COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(C(C)(C)c2ccc(O)c(O)c2)c1	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6485	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5[nH]nc6cc(F)ccc56)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6486	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5ccc(-c6cccnc6)nc5)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6487	C#Cc1ccc(C(O)CCc2cccc(-c3ccc4c(-c5ccc(O)c(OC)c5)n[nH]c4c3)c2)cc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6488	COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(C2(c3ccc(O)c(O)c3)CCCCC2)c1	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6489	COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(C)c2cc(O)c3[nH]c4ccc(F)cc4c3c2)cc(N2CCCCCC2)c1	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6490	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CNCCC(O)c5ncc(C(F)(F)F)cn5)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6491	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5[nH]nc6cc(O)ccc56)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6492	COc1cc([SH](C)(=O)N2CC=C(C(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)CCC2)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6493	COc1cc([SH](C)(=O)N2CCC(OCc3cccc(C4CCOC4)c3)CC2c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6494	COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(N2CCCC2c2cc(O)cc(O)c2)cc(C(C)(C)c2ccc(O)c(O)c2)c1	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6495	COc1cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(CCC(O)c5ccc(CN)c(O)c5)c4)ccc23)ccc1O	AlphaDrug	5MMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

6481 to 6495 of 73725 items. Total 4915 pages.