DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6616 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6617 CC(C)(N)c1ccc(NC(=O)N2CCC(OC(=O)Nc3ccc(-c4ccccn4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6618 Cn1cc(-c2cccc(CNC(=O)Nc3ccnc(-c4ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc4)c3)c2)cn1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6619 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccccc3)c3ccccc3n2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6620 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cncc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6621 CC(C)(C)Nc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CN4CCOCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6622 Cc1c(C#N)cc(Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)nc1-c1ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6623 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC2CCN(C(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6624 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6625 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccc(-c4cnccn4)cc3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6626 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC(=O)N2CCC(Oc3ccc4ncccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6627 Cn1ccnc1-c1cccc(CNC(=O)Nc2ccnc(-c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc3)c2)c1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6628 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(-c4cccc(S(C)(=O)=O)c4)c3)cs2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6629 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC2=C(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6630 CC(C)N1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3nc(C(=O)NC4CCCCC4)cs3)cc2)CC1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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